氣相色譜儀要用到氣源，常見的有氮氣、氫氣、空氣，也會用到氦氣，氬氣等。氣源對于儀器的穩定性及靈敏度影響重大，下面就分別每種氣體的使用、管理、注意事項予以說明。
一、氮氣
氮氣是使用最多的載氣，主要有鋼瓶氮氣和氮氣發生器兩種，推薦使用鋼瓶氮氣，要注意以下幾點：
1、氮氣鋼瓶要放置穩定，預防鋼瓶摔倒引起的次生事故，推薦使用氣瓶柜。
2、鋼瓶減壓閥要購買質量過硬，穩壓效果好的，否則會造成色譜儀基線波動，基線噪音大等問題，在安裝減壓閥后要進行試漏，否則會造成泄露危險，同時造成色譜儀基線漂移。
3、氮氣純度要求99.999%，推薦連接脫氧管和氣體凈化器進一步凈化，尤其是ECD檢測器，在使用純度較低的氮氣后，會導致基線本底變高、噪音變大，同時會影響色譜柱和ECD檢測器的使用壽命。
4、氮氣發生器產生的氮氣純度相比較于氮氣鋼瓶要低，其工作原理是通過氫氣發生器產生氫氣，反應掉空氣中的氧氣，余下以氮氣為主的氣體，再經過除水除烴，最后得到氮氣，純度一般介于99.9%—99.99%，因此，氣相色譜儀使用還是以氮氣鋼瓶為主。
二、氫氣
氫氣對于氣相色譜儀的作用主要是燃燒氣和載氣，來源主要是鋼瓶氫氣和氫氣發生器，在使用中推薦使用鋼瓶氫氣，高靈敏度分析同樣需要高純氫氣，含量99.999%，在使用中應注意以下事項：
1、使用氫氣鋼瓶尤其要注意，因氫氣屬于易燃易爆氣體，出問題可能引發重大災難事故，在使用時推薦使用防爆氣瓶柜，并保持正常通風，在連接氫氣減壓閥及氫氣管路后，一定要進行試壓試漏。
2、氫氣發生器主要有兩類，堿液型和純水型。堿液型在市場占有量大，優點價格低，但是如果出現故障，有可能會發生堿液沖入氫氣管路，進入色譜柱和檢測器，造成檢測器污染甚至損壞，因此要注意觀察變色硅膠是否正常，及時更換，還要留意加水液面位置，及時補充純水。
三、空氣
空氣對于氣相色譜儀的用途是助燃氣，來源主要是鋼瓶空氣和空壓機。
1、鋼瓶空氣實際上也分為兩類，壓縮空氣和配比空氣，我們使用的一般是壓縮空氣，就是大氣壓縮灌裝至鋼瓶。配比空氣也稱高純空氣，正常該氣體是由高純氮氣79%和高純氧氣21%配比而成，這是非常好的空氣源（無油無水雜質少）。
2、空壓機一般分為大型空壓機和實驗室空氣發生器。大型空壓機一般在生產車間用到，同時會有氣源處理裝置，分水濾氣器等，出來的空氣壓力穩定、雜質也少，是比較理想的空氣源。實驗室用空氣發生器一般流量較小，用于色譜儀或其他儀器使用，原理同大型空壓機類似，一般儀器自帶凈化裝置，純度較高，操作方便，在實驗室得到大量應用。